Insieme a Archizoom, Superstudio  e Ufo, Gianni Pettena appartiene al nucleo originario dell'architettura radicale italiana.  Nato nel 1940, ha studiato architettura all'Università di Firenze costruendo, negli anni '60 con altri studenti come Paolo Deganello, Andrea Branzi, Massimo Morozzi, Adolfo Natalini, il clima che produsse quel movimento, origine di buona parte della contemporanea sperimentazione nel campo dell'architettura e del design italiano.  Studente atipico, negli anni della sua formazione, frequenta più le gallerie d'arte che le aule universitarie e mantiene una posizione personale, autonoma, convinto della necessità di ripensare il significato della disciplina architettonica operando da campi e settori paralleli, coltivando i propri contatti con il mondo delle arti visive più che con il dibattito interno all'università, al quale comunque partecipa.  Poiché, egli sostiene, "gli artisti costruiscono e gli architetti disegnano", gli artisti si sostituiscono cioè all'assenza degli architetti nel proporre linguaggi visuali atti alla trasformazione dello spazio fisico, gli appare necessaria una revisione delle origini teoriche e operative della disciplina che è per lui, fin da quegli anni, più assimilabile al linguaggio dell'arte concettuale che a quello della sola trasformazione delle metodologie progettuali.
Ancor prima della laurea (1968) inizia un percorso di 'design alternativo', e un'attività sperimentale che ha soprattutto un significato di esperienza personale e spesso prescinde dalle necessità dell'esercizio professionale: mobili per il suo studio fiorentino disegnati nella scala del luogo e non dell'uomo (Divano Rumble, 1967); installazioni in dialogo con luoghi significativi del contesto urbano, come le parole-oggetto ingigantite nelle scala, realizzate in cartone ondulato in occasione di manifestazioni artistiche, e abbandonate all'usura del tempo e degli agenti atmosferici (Carabinieri, Milite Ignoto, Grazia & Giustizia, 1968), o panni stesi ad asciugare su clothlines che attraversano l'intera "piazza del duomo" (Laundry, 1969) e contrappongono la vivacità del quotidiano alla staticità dei luoghi della rappresentanza e del potere; o ancora, un allestimento di una mostra di pittura (Dialogo Pettena-Arnolfo, 1968) che egli propone come "una lezione di architettura", un temporaneo stravolgimento della purezza rinascimentale dell'edificio quattrocentesco che, una volta rimosso, avrebbe provocato una percezione più consapevole della costruzione e degli spazi circostanti.
In seguito alla pubblicazione su "Domus" di queste prime opere, nel 1971 viene invitato negli Stati Uniti come artist-in-residence al Minneapolis College of Art and Design di Minneapolis, e l'anno successivo alla University of Utah di Salt Lake City.  Prende così avvio anche un'attività di didattica e di critica che, oltre a costruire un dialogo costante e reciprocamente appagante con varie generazioni di studenti – tra i quali ricordiamo Nigel Coates e Peter Wilson alla A.A. di Londra, Marco Zanini e Michele De Lucchi all'Università di Firenze, Tim Power, Mike Ryan e Johanna Grawunder alla California State University – condurrà Pettena a tenere conferenze e seminari in numerosissime scuole di architettura negli USA e UK, e in Europa e Italia nel corso degli anni successivi: occasioni di dibattito critico e di incontri spesso anche 'interdisciplinari', come ad esempio l'accompagnamento musicale di Brian Eno a una sua lecture all'Architectural Association di Londra nel 1974.  Un episodio che d'altra parte ribadisce il suo costante rapporto con il campo della musica sperimentale, che già a cavallo degli anni '60 e '70 si era espresso in collaborazioni con Giuseppe Chiari (Concorso Trigon '71), con Vittorio Gelmetti (Applausi, 1968), e con i musicisti del MEV, Musica Elettronica Viva, (Grazia & Giustizia, 1968), e in seguito per esempio con Davide Mosconi in una performance alla Triennale (Progetto d'Architettura n.5, 1973) in cui mentre i musicisti suonavano i loro strumenti, Pettena 'suonava' lo spazio con martelletti da vibrafono, su pareti preparate con microfoni a contatto.
Questo primo periodo di soggiorno negli Stati Uniti sarà per lui fondamentale, anche se inizialmente egli sembra confrontarsi con il nuovo contesto, sia sociale che ambientale, in una maniera che appare ancora legata al tipo di ricerca condotta in Italia. La scelta dei luoghi in cui operare infatti, nei primi lavori 'americani' è ancora dettata dalla volontà di provocare, da una sorta di 'violenza' nei confronti dei simboli della cultura e delle istituzioni: una conferenza all'università si trasforma perciò in un happening, perché il pubblico è 'costretto' a ritagliare il proprio spazio in una sala fittamente riempita di strisce verticali di carta (Paper, 1971), e altrettanto avviene con una passeggiata verso il centro città insieme agli studenti che 'indossano' sedie e come tali le usano in autobus o per riposarsi nella piazza di uno shopping center (Wearable Chairs, 1971).  Gli intenti polemici rimarranno espliciti anche nelle opere successive, che si presentano comunque come azioni estreme, di disturbo, ma progressivamente l'osservazione si concentrerà su processi diversi di lettura dell'ambiente, in cui natura e architettura vengono accostate e contaminate, così da 'rinaturalizzare luoghi e materiali denaturati' compiendo al tempo stesso una ricerca, una interpretazione metaforica 'delle contraddizioni e delle bellezze della città contemporanea'. 
Sia gli edifici inglobati nel ghiaccio a Minneapolis (Ice n.1 e Ice n.2, 1971-1972) che la trilogia di Salt Lake City, una casa piccolo borghese ricoperta di creata spalmata a mano (Clay House, 1972), un grattacielo di cespugli 'liberati' costruito nel centro della città (Tumbleweeds catcher, 1972), e la rilettura polemica dei confini cittadini attraverso una traccia di vernice rossa che ripercorrendoli li definisce come artificiosi (Red Line, 1972), contengono entrambi queste componenti, e anche un'attenzione all'uso di materiali naturali generalmente estranea alla formazione dell'architetto, e lì mediata dall'esperienza della funk architecture della generazione hippie e dallo studio del rapporto delle popolazioni nomadiche con lo spazio apparentemente vuoto dei deserti.  Un vuoto in realtà 'pieno' di architetture all'interno del quale non esistono schermi tra l'abitante e la natura, pieno di templi (le montagne della Monument Valley) come di abitazioni (le caverne), o di architetture spontanee perché costruite in quella forma dal lavoro stesso dell'uomo (le miniere a cielo aperto o le saline ai bordi del Great Salt Lake).  Un'osservazione, questa sull'architettura inconscia (About non-conscious architecture, 1972-73), che sarà documentata in un filmato girato per la Triennale 1973 e, quasi in forma di catalogazione, da una serie di fotografie pubblicate in parte su Casabella (n.392-393, 1974) insieme a un ampio testo.  Anche della trilogia di Salt Lake City fu girato un filmato, poi presentato alla John Weber Gallery di New York (1972) in una mostra dedicata alle opere di Pettena realizzate negli USA.
Rientrato in Italia, in seguito all'invito di Eugenio Battisti e G.K. Koenig per corsi da tenersi alla Facoltà di Architettura di Firenze, si dedica, oltrechè a una attività didattica in cui cerca di far conoscere quelle esperienze contemporanee che introducono un diverso approccio al contesto ambientale (dalla funk architecture a Buckminster Fuller, alla contro-cultura della beat generation nordamericana), a una intensa attività di critica, cercando di mantenere vivo quel dibattito culturale che sembra illanguidirsi man mano che l'esperienza del 'radicale' si  trasforma e assume caratteristiche meno 'aggressive' e sperimentali.  Nel 1973 è tra i fondatori della Global Tools, scuola e sistema di laboratori che rappresentò il momento di massima intensità di strategia comune per il movimento dell''Architettura Radicale, e tuttavia, anche in quella occasione, con l'esplicita ammissione del suo ruolo di 'spia' (Io sono la spia, 1973), egli intende ribadire la propria peculiarità, il proprio ruolo individuale, le caratteristiche di una ricerca personale che è espressione delle posizioni più estreme dell'area radicale, del rifiuto di ogni compromesso nei confronti della progettazione tradizionale come strumento e linguaggio di espressione artistica.  La sua convinzione della rilevanza, per nuovi significati in architettura e un ruolo più contemporaneo dell'architetto, di un apporto teorico che recepisse stimoli creativi dal rapporto con le diverse discipline e manifestazioni artistiche, e dal contatto con le realtà sociali più alternative o marginali, si era già manifestata, oltrechè nei lavori di quei primi anni, anche attraverso la pubblicazione de L'Anarchitetto (Guaraldi, Firenze 1972), saggio atipico in forma di racconto, di poesia visiva e di diario fotografico anche dell'esperienza americana, che assumeva esso stesso il significato di 'opera', in quanto testimonianza di come la forma letteraria, oltre che utile a spiegarla, possa diventare essa stessa architettura perché, come ha detto Pettena a proposito del suo Anarchitetto, "parla di architettura come nessun progetto può parlarne".
Scrivere di architettura sarà per lui sempre importante, parte di quella intensa attività di critica con cui cercherà di mantenere vivo un dibattito culturale che non si esaurisce con la fine del movimento radicale, ma si allarga anzi al confronto con altre fondamentali esperienze contemporanee, così come alla proposta dei linguaggi delle nuove generazioni.  Sono dei primi anni '70 i suoi interventi su Domus, su Casabella, Su In e Inpiù, su Modo: le conversazioni con Smithson (1972) come le interviste a Buckminster Fuller (1974, 1975, 1978, 1979) e poi, progressivamente le mostre e le pubblicazioni su Robert Venturi e su Richard Meier (1981), e su Superstudio (1982) ma anche sull'emergente scuola londinese, Zaha Hadid, Nigel Coates, Peter Wilson, Jenny Lowe  (1981, 1982).  Nel 1983 pubblica poi l'ultima versione de La città invisibile (la prima versione è del 1976) in cui per la prima volta vengono presentate in forma antologico-critica le sperimentazioni del 'radicale' tra il 1965 e il 1975, un'ulteriore occasione di confronto per i protagonisti di quella stagione, ma soprattutto un'accurata analisi di quel movimento utile alle generazioni che, pur non avendolo vissuto, ne  subivano comunque e anche indirettamente le influenze.  
Le attività di critico e di docente sono comunque sempre svolte in parallelo a lavori e realizzazioni che non rinunciano mai alla loro 'radicalità', e a tutt'oggi sottolineano le caratteristiche di una scelta operativa che non accetta la rigidità dei confini tra le diverse discipline artistiche ma anzi intende esplorarne proprio le aree di 'sconfinamento'.  Continua l'osservazione della fisicità della natura, con cui occorre confrontarsi con rispetto sia quando può apparire come un ostacolo (Marea, 1974) sia quando essa asseconda le esigenze dell'uomo, e da materia si trasforma in materiale, in potenziale architettura (Complementi di architettura, Biennale di Venezia 1978).  Questa considerazione della natura e del contesto ambientale sono in fondo la base per Pettena anche di ogni possibilità di architettura costruita, e gli esempi di questo che si incontrano nella sua opera dimostrano come una simile convinzione e la coerente aderenza concettuale ad essa non siano necessariamente motivo di una scarsa possibilità di realizzazione.  Così, egli si confronterà per esempio con il contesto naturale nella costruzione della sua casa elbana (La mia casa all'Elba, 1978- --), un work- in-progress che pur acquistando nel tempo nuove definizioni e caratteristiche, da sempre ha trovato motivazione e forma in ragione del luogo e dei materiali che lì si trovano, quelli della macchia mediterranea e del mare su cui la costruzione affaccia: la traduzione insomma in forma di edificio di quanto egli aveva osservato e teorizzato nei deserti nordamericani a proposito delle abitazioni dei nomadi, in cui si usa quanto è offerto dalla natura e si interviene su di essa con gesti minimali.   Ma anche quando è diverso il rapporto con il contesto ambientale, quando è necessario considerare anche altri elementi, di carattere sociale e storico, l'attenzione, il rispetto e la 'leggerezza' dell'intervento rimangono fondamentali: il nuovo Municipio di Canazei (1990-97, con O.  Zoeggeler) è emblematico di questo dialogo contestuale, in questo caso con l'edificio storico del vecchio Municipio, un'opera di Ettore Sottsass sr. del 1929.  Invece di demolirlo, come era nelle intenzioni dell'amministrazione, il progetto non solo ne prevede il restauro, ma gli 'rende omaggio' accostandogli un nuovo edificio quasi simmetrico che, pur rispettandone la sobrietà formale d'impronta razionalista, non rinuncia a parlare il linguaggio del proprio tempo.  
La scelta stessa di dedicarsi a un numero limitato di 'veri' progetti dimostra come l'architettura non si limiti per Pettena all'episodio della costruzione, ma faccia parte di una ricerca più ampia, incentrata sul rapporto con il contesto ambientale, con lo spazio, e con la qualità e la natura dei materiali, un modo per verificare continuamente la molteplicità di possibili significati che la disciplina architettonica può assumere.    
Si comprende agevolmente, in quest'ottica, anche la successiva attività di critico che, se da un lato analizza l'opera di Hans Hollein (1988), considerata ancora emblematica del 'tutto è architettura' teorizzato nei primi anni '60 dell'architetto austriaco, progressivamente, rielaborando anche nel ricordo le conversazioni newyorkesi con Robert Smithson, si avvicina in anni successivi allo studio dell'architettura del paesaggio in una prospettiva sia storico-progettuale che di valorizzazione delle intrinseche componenti di arte ambientale.  Presenta così per la prima volta in Europa la figura e l'opera di F.L.Olmsted, il progettista del Central Park di New York, considerato l'antesignano di ogni moderna concezione di parco urbano e parco naturale, in una grande mostra agli Uffizi (1996) e procede poi nell'analisi delle elaborazioni degli ambienti 'naturali', concentrando l'indagine sulla Toscana, dal giardino storico ai 'paesaggi inconsapevoli' creati dal lavoro e dalle necessità dell'uomo fino ai contemporanei giardini di scultura, presentati ancora agli Uffizi nel 1998.  Ma anche la sua approfondita analisi storico-filologica della genesi concettuale e progettuale della casa di Malaparte a Capri dimostra, così come egli ha ricostruito nel volume pubblicato nel 1999 dopo numerosi anni di studio, che se una delle costruzioni più ammirate del secolo, attribuita dalla critica a Adalberto Libera, è in realtà un 'ritratto di pietra', opera di uno scrittore, questo non è che un'ulteriore conferma della indeterminatezza dei confini della disciplina architettonica e di come essa si esprima in modi che rispecchiano tanto una particolare impostazione concettuale quanto le necessità dettate dal contesto, dalla stessa conformazione orografica del sito.  
Nel corso degli anni '70, Pettena partecipa comunque attivamente al dibattito tra i 'radicali' e i 'razionali', anche nelle occasioni ufficiali delle Biennali e Triennali, ed è presente con opere, scritti e attività didattica nel panorama della critica internazionale.  Tuttavia, poco coinvolto (se non per l'analisi dei contributi delle giovani generazioni) nelle evoluzioni del 'radicale' verso il design più liberato e consapevole delle sue implicazioni sociali di 'Alchymia' e di 'Memphis', di fronte al diffondersi dell'eclettismo, e dunque alla tolleranza di ogni linguaggio di ricerca ormai svincolato da necessità di 'dimostrazioni' teoriche, a differenza di altri compagni di strada del primo 'radicale', Pettena continua l'attività artistica allargando il proprio campo di ricerca senza creare fratture rispetto alle premesse ideologiche del lavoro precedente, anzi accentuando gli elementi di concettualità più specifici del processo di 'sconfinamento' interdisciplinare.  Installazioni, performance, pezzi di design realizzati in forma di prototipo solo per la loro capacità di esprimere un'idea: alla fine degli anni '70 e poi nel corso del decennio successivo questi sono gli strumenti attraverso cui egli prevalentemente si esprime per comunicare concetti, servendosi di linguaggi che appartengono a settori disciplinari diversi.  La parola, l'oggetto artistico o architettonico vengono da lui usati per indagare lo spazio nelle sue componenti più evanescenti, quelle di un rapporto tra realtà e rappresentazione che non esclude anche un'accezione intimista, legata a immagini e oggetti fissati nella memoria nel corso del proprio percorso esistenziale.  Ricordi e realtà a volte da esorcizzare (pur senza riuscirvi) perché "occupano nella mente uno spazio che potrebbe essere usato per cose più interessanti" (Atta Unsar, 1973), a volte da condividere con altri nella loro essenzialità, nel loro schematismo di bagaglio mentale che ci accompagnerà comunque, anche nei contesti da essi più diversi (Paesaggi della memoria, 1987).  In particolare nei lavori prodotti per le gallerie 'Speciale' e 'Megalopoli', Pettena studia lo spazio 'simulato', la realtà illusoria creata nella rappresentazione artistica attraverso i riflessi, i rimandi visuali, la percezione volutamente distorta; indaga il tema della finzione prospettica sia attraverso oggetti di design atipici, la cui fisicizzazione sconfina nell'immaginario, sia attraverso la creazione di spazi la cui fruizione è ambigua proprio perché di realtà incerta, illusoria, al limite dell'impossibilità.  Tuttavia, questa "logorazione del confine tra reale e immaginario", quella di un tavolo in pietra che termina nella sua rappresentazione in forma di dipinto ed è riflesso come 'intero' nella superficie che lo specchia (Sovrapposizioni, 1984), quella di uno spazio incorniciato in forma di quadro all'interno del quale la bidimensionalità apparente degli oggetti ne nasconde in realtà la tridimensionalità (Integrazioni, 1985), quella di una poltrona cui consegnare (o sottrarre) la propria forma corporea (Ombra, 1986), non ha per Pettena solo il significato della 'finzione artistica', cioè della possibilità potenzialmente infinita di rappresentazione della realtà, ormai resa legittima dall'accettazione di ogni forma di operazione artistica.  Qui si indagano piuttosto la capacità e la volontà di gettare un ponte tra il mondo dell'intuizione e quello della razionalità: la possibilità cioè di varcare un confine verso l'immaginario che non escluda il ritorno alla realtà, ma anzi lo renda gradito, per gli stimoli e la curiosità mentale che la scoperta di questo eterno gioco di rimandi ha innescato.  Così, il tavolo in pietra e il suo doppio dipinto non sono importanti quanto la loro immagine riflessa, così come la bi-tridimensionionalità del quadro-stanza acquista di significato solo per la decisione dell'utente-spettatore di entrarvi o uscirvi, o la poltrona-cappotto per la consapevolezza che essa sia un'ombra di cui si può essere padroni, ma che tuttavia ha vita anche in nostra assenza.  
L'operare artistico di questi anni riflette in fondo una dimensione parallela, l'espressione di una ricerca personale e di un approfondimento concettuale che maturano in contemporanea con le attività di critica e di didattica, ma non insieme a queste.  Pettena cioè continua a insegnare, all'Università di Firenze, alla Domus Academy di Milano, alla California State University, tiene seminari e conferenze nelle scuole d'architettura più prestigiose in Italia e all'estero, scrive di architettura e di design (Hans Hollein/1988, Rodolfo Bonetto.  Trent'anni di design/ 1992, Il linguaggio dell'acciaio/1992) allestisce mostre (Architectural Teaching USA/1985, Il Polo espositivo/1988, Hans Hollein. Opere 1960-1988/1988, Visioni d'ambiente/1988, Ettore Sottsass sr. Architetto/1991, Casa Malaparte/1992), pubblica articoli e saggi su riviste d'arte e d'architettura contribuendo a mantenere vivo il dibattito sul rapporto tra le due discipline e sul ruolo del 'radicale', intervista o presenta a Firenze i grandi personaggi dell'architettura, da Isozaki a Hollein, da Wines a Mario Botta, partecipa insomma, come critico, al dibattito internazionale e riflette queste esperienze nella sua attività didattica.   
In parallelo a questo, egli segue poi il percorso di una maturazione artistica che lo vedrà progressivamente integrare tematiche già affrontate in passato a nuove proposizioni, più legate al tema della città, tanto negli aspetti di salvaguardia delle preesistenze storiche quanto in quelli legati all'inserimento dell'opera d'arte contemporanea in un contesto urbano.  
Con i tappeti disegnati per la galleria 'Speciale' per esempio, se da un lato approfondisce ancora il tema della vertigine mentale e del disequilibrio creato dall'indeterminatezza del confine tra realtà e immaginazione (Sprofondo e Compenetrazione, 1987), dall'altro riproduce gli spazi all'interno o all'esterno delle mura di una città, di una costruzione, dei suoi interni intesi come luoghi della ritualità del vivere (Itinerari, territori, mappe, recinti, 1987), un tema interpretato in altre occasioni anche in termini di design (Letto Buon Compleanno,1985).  
L'attenzione al contesto e il dialogo con l'ambiente, sempre presenti nel suo precedente lavoro, si manifestano ora in una forma in cui le metodologie e i linguaggi delle arti visive sono accentuati fino a superare senza rimpianti la linea di 'sconfinamento' che dall'architettura conduce verso altre discipline artistiche.  E dunque, la funzione dell'oggetto progettato asseconda, più che sfruttare, il riutilizzo dei materiali naturali ipotizzando che il loro ritorno alla natura li restituisca a nuova vita (Poltramaca, 1985), e una stanza, ambiente artificiale per eccellenza, viene 'rinaturalizzato' accentuandone le componenti di ritualità e rendendone evanescente la struttura fin quasi a farla scomparire (Stanza, 1987).  Del contesto storico invece, oltrechè nel progetto per Canazei, anche nelle proposte di riqualificazione e restauro di edifici storici all'Isola d'Elba (Forte Inglese/1992, Tonnara dell'Enfola, 1990-97) vengono sempre rispettate, se non addirittura sottolineate, le caratteristiche originarie, e le compromissioni con il contemporaneo vengono suggerite solo in vista della funzionalità del possibile riuso dell'edificio, e dunque di una sua rinnovata valorizzazione.   Ma di fronte a un ambiente degradato, sia esso un'anonima frangia urbana residenziale oppure un brano di natura sconvolto dall'invadenza dell'industrializzazione, Pettena, riproponendo in chiave contemporanea la lezione dei grandi maestri dell'architettura del paesaggio, sembra affidare il compito della riqualificazione all'arte ambientale, ancora una volta delegando ad altre discipline la funzione di integrare lo specifico architettonico. 
In realtà, la sua convinzione, ormai maturata da tempo, di come non esistano  confini, nel rapportarsi alle tematiche relative allo spazio fisico, tra la sensibilità dell'architetto e quella dell'odierno artista ambientale, convinzione metaforicamente illustrata anche nella sua opera più recente (Archipensieri, 2001), non fa che ribadire la linea di coerenza che percorre la sua intera opera, quella cioè della necessità di una lettura più attenta dello spazio, quella di un percorso mentale che conduca a una percezione che forse solo attraverso l'apparente disordine del dubbio e della sperimentazione può trovare un ordine, una struttura, una memoria, una maggiore consapevolezza.
La riproposta delle tematiche del 'radicale' alla Biennale di Venezia Architettura 1996 (mostra e volume Radicals), come premessa storica alla moderna figura dell'architetto come 'sismografo' suggerita da Hans Hollein,  così come la successiva esposizione Archipelago (1999) in cui questa interpretazione di 'radicalità' si estende fino al contemporaneo, e integra disegni d'architettura con installazioni d'artista, pezzi di design con visioni d'ambiente dei maestri e dei giovani studenti partecipi dell'allestimento, hanno per Pettena in fondo, al di là della volontà dello storico di far conoscere e studiare queste fenomenologie, soprattutto il significato di illustrare le convinzioni maturate nel corso della sua opera di architetto, di artista, di insegnante e di critico.  Cioè, per dirla con le sue stesse parole, che:  "La condizione necessaria alla innovazione e all'aggiornamento concettuale e linguistico è ancora quella di un processo continuo di ricerca, di consapevolezza e di costruzione e definizione di linguaggi che, come il recente passato ha dimostrato soprattutto nel mondo delle arti visive e del design, e a volte, come conseguenza, anche nell'architettura, si arricchiscono vicendevolmente solo quando, accettando l'integrazione, contemporaneamente accettano di mettere in discussione le proprie certezze, nel tentativo di individuare, se non risolvere, dubbi e fragilità."
Continuando nel percorso prescelto e percorso in precedenza, Pettena concepirà e allestirà un'altra grande esposizione in cui il concetto di "radicalità" applicato al design (Radical Design, 2004) viene illustrato, anche attraverso un ampio catalogo, nel suo percorso storico e nelle connessioni tra le proposte delle generazioni più giovani e il retaggio della sperimentazione iniziata negli anni Sessanta del secolo precedente. 
Il "radicale" d'altra parte, grazie anche alla sua attività di critico, comincia in quegli anni ad essere indagato e presentato in numerose mostre da centri e musei di arte contemporanea in parallelo, confronto e dialogo con le altre arti, in particolare con le espressioni più consonanti delle arti visive, quelle attente al contesto ambientale e sociale. Tra le prime mostre, negli anni tra il 2000 e il 2003, quelle al Palazzo delle Papesse di Siena promossa dal Frac Centre di Orléans, al Museum fur Angewandte Kunst di Colonia, al Institut d'art Contemporaine di Villeurbane, alla Kunstler haus di Vienna, al MUVIM di Valencia, al Centro Andaluz de Arte Contemporaneo di Siviglia, al Mamco di Ginevra, alle quali Gianni Pettena partecipa sia con le sue opere che con contributi  critici al catalogo.  E' il primo architetto "radicale" a cui il Frac Centre di Orléans dedica una grande antologica (Gianni Pettena. Le métier de l'architect, 2002) arricchita da una complete e accurata monografia, pubblicata anche in italiano/inglese l'anno successivo da Silvana Editoriale (Gianni Pettena, 2003) in occasione dell'antologica presentata al museo della Fondazione Piaggio.  Le opere di Gianni Pettena vengono, a partire da questi anni, sempre più ricercate e apprezzate, ed entrano a far parte di musei e collezioni pubbliche, dal Frac Centre di Orléans al FNAC di Parigi, dalla collezione permanente della Banca della Svizzera Italiana a quella del Frac Centre dell'Ile de France, a collezioni private italiane, europeee e statunitensi.  In particolare, i lavori del cosiddetto periodo 'americano', dalla Salt Lake Trilogy all'indagine a tutto campo del rapporto tra natura e architettura  di About non conscious architecture, ai molti disegni di Trigon '71 la cui visionarietà si è poi spesso tradotta in profetica realtà, assumono un valore che viene ormai considerato storico, tanto per la sua specificità e unicità all'interno della sperimentazione radicale degli anni Sessanta e Settanta quanto per i suoi influssi sul mondo dell'architettura, del design e dell'arte contemporanea.  A concreta illustrazione di questo, la Galleria Neoncampobase di Bologna presenterà ad esempio in due occasioni il lavoro di Pettena insieme a quello di giovani artisti la cui opera mostra un'ideale ispirazione in particolare alla attenzione allo spazio e alla contaminazione di linguaggi tipiche di Pettena: nel 2007 Maurizio Mercuri e Riccardo Previdi e nel 2008 Luca Trevisani.  Anche grandi rassegne internazionali tradizionalmente dedicate ai più sperimentali e attenti percorsi di ricerca nel campo delle arti contemporanee, ospitano ora opere di Pettena (Manifesta 7, 2008; The death of the audience, 2009) che assumono valenza di riferimento e di confronto, sia attraverso la sua produzione d'epoca sia attraverso nuovi lavori che rinnovano, pur ribadendole, le linee guida della sua ricerca artistica. 
E' la costante attenzione all'ambiente infatti che segna il proseguimento di un percorso speculativo che assume in anni recenti in Pettena una duplice veste espressiva, l'una più rigorosamente astratta, l'altra più straniante e 'contaminata' da materie diverse, che si propone di destabilizzare la percezione consueta della città attraverso un approccio in cui la natura rappresenta un supporto e al tempo spesso una implicita critica all'architettura. Nella prima, l'ironica intransigenza che in Archipensieri invitava, in maniera provocatoria, a guardare all'architettura nelle sue forme più semplici e al tempo stesso più perfette, prende nuovamente forma nei due 'cubi', proposti in veste virtuale per la Biennale di Valencia (2003) e per gli esterni della Galleria Enrico Fornello di Prato (2009), così come, a Rovereto per Manifesta 7 (2008), nella rilettura della facciata dell'anonimo edificio di architettura industriale che ospitava la mostra.  Tuttavia ( e qui sempre più si manifesterà la seconda impostazione), la natura diverrà concettualmente determinante nella continua osservazione di Pettena dello spazio fisico e della sua percezione all'interno dello spazio urbano: piante rampicanti saldamente ancorate alla terra che si intrecciano agli elementi d'architettura (Archipensieri 4, 2008;  Archipensieri 5, 2009), e veri e propri brani di città che vengono presentati in forme imprecise, grandi dimensioni, colori dettati dalla natura stessa o da materiali che ad essa si ispirano (Architettura, Forgiving Architecture, Archipensieri 6, 2009).  Nella personale alla Galleria Enrico Fornello di Prato, come nelle installazioni per la Biennale di Atene 2009 e per il FIAC 2009, la natura o una materia comunque estranea all'architettura intervengono a mascherarla implicitamente negandola, ma al tempo stesso a supportarla poiché ne attenuano asprezze, errori o interpretazioni troppo superficiali del tessuto urbano.
Nel 2008 Gianni Pettena interrompe anzitempo l'insegnamento di Storia dell'Architettura Contemporanea presso l'Università di Firenze, anche in polemica con l'attuale gestione degli atenei italiani, mentre prosegue i corsi di Progettazione Architettonica presso la California State University, scegliendo dunque di proseguire con un minor numero di studenti di ben altra preparazione e motivazione la sua attività di docente attento alle nuove linee di sviluppo creativo delle giovani generazioni.  A queste generazioni si rivolge anche prevalentemente la sua attività di critico con le numerosissime conferenze in scuole o centri culturali di prestigio, tra cui di recente la Columbia University e la Princeton University negli Stati Uniti o l'Arkitekturzentrum di Vienna, o con le frequenti interviste e interventi sulla stampa (cfr. ad esempio 'La Repubblica' 2 luglio 2003/17 luglio 2004/3 luglio 2005/9 dicembre 2006) nei quali, rivendicando con questo spesso anche il proprio ruolo all'interno del percorso sperimentale iniziato negli anni '60 e '70, invita a considerare se e quanto le giovani generazioni siano riuscite, sulla scia di quell'esempio, ad acquisire strumenti più adeguati per porsi di fronte agli assunti progettuali con maggiore consapevolezza e maturità.